Kepengurusan Al-Bahjah Bogor resmi dibentuk dan direstui oleh Guru kita tercinta Buya Yahya pada tahun 2017, yang dimana pada saat itu juga bertepatan mulai beroperasinya Pondok Pesantren Tahfidz Al-Bahjah Bogor. Walaupun sebetulnya Al-Bahjah Bogor sendiri sudah ada kurang lebih sekitar tahun 2010, yang dimana pada saat itu kegiatan Al-Bahjah Bogor hanya bergerak di program Majelis Taklim yang diisi langsung oleh Buya Yahya.

Sedikit berkisah tentang perjalanan Al Bahjah Bogor. Seperti disampaikan diawal, kegiatan Al-Bahjah Bogor dimulai sekitar tahun 2010 yang mana pada saat itu Guru Kita Buya Yahya memulainya dengan menghadiri majelis undangan dan siaran di salah satu stasiun radio dakwah swasta yang bernama WADI FM. Hingga pada akhirnya Buya Yahya memiliki majelis rutin yang dilaksanakan di Masjid Raya Bogor, dan majelis ini alhamdulillah masih aktif sampai saat ini. Adapun waktunya yaitu diselenggarakan setiap hari rabu pekan ke-2 pukul 09.00 WIB – selesai. Adanya majelis ini menjadi awal berkembangnya dakwah Al-Bahjah Bogor dibawah asuhan Buya Yahya, karena momen majelis ini tidak hanya dijadikan sebagai perkumpulan untuk menuntut ilmu saja, tapi Beliau pun mengajak kepada seluruh jamaah yang hadir untuk ikut serta dalam perjuangan dakwah. Beberapa program dakwah yang selalu Beliau sampaikan adalah pembuatan stasiun radio dakwah dan pondok pesantren.

Perjuangan dakwah tidak berjalan dengan mudah, karena sejak tahun 2010 Buya Yahya memulai dakwahnya sampai bertahun-bertahun namun cita-cita untuk mendirikan radio dan pondok pesantren belum kunjung hadir. Namun Beliau tidak pernah menyerah mengajak para jamaah untuk bisa merealisakan program dakwahnya karena prinsip Beliau ketika kita menyampaikan ajakan kebaikan maka kita akan mendapatkan pahala meskipun ajakan tersebut belum disambut. Hingga pada akhirnya sekitar tahun 2014 Allah kirimkan beberapa pejuang yang siap menghadirkan radio dakwah di wilayah Bogor, maka pada saat itu lahirlah radio dakwah resmi dibawah asuhan Buya Yahya yang bernama RadioQu Bogor yang mengudara di frekuensi 1089 AM. RadioQu Bogor hadir sebagai media edukasi untuk masyarakat Bogor dan sekitarnya, sehingga masyarakat Bogor bisa mengaji bersama Buya Yahya tidak hanya 1 bulan sekali tapi bisa mengaji setiap hari.

Dengan hadirnya RadioQu Bogor, selain ilmu-ilmu yang disampaikan oleh Buya Yahya bisa lebih sering didengarkan, penyampaian program dakwah Buya Yahya pun bisa tersebar lebih luas dan lebih sering didengarkan, karena target Buya Yahya di wilayah Bogor harus ada pondok pesantren. Hingga akhirnya setelah 3 tahun berikhtiar dan menunggu, Allah pun kembali mengirimkan pejuang-Nya yang mewakafkan lahan seluas kurang lebih 4.500 m² beserta bangunannya, adapun lokasi lahan tersebut berada di Kampung Cigamea 2 Rt 1 Rw 5 Desa Situ Udik, Kecamatan Cibungbulang, Kabupaten Bogor. Yang selanjutnya sekitar tahun 2017 lahan ini mulai dipergunakan untuk program Tahfidz Al-Bahjah Bogor, sekaligus dibentuknya kepengurusan Yayasan Al-Bahjah Cabang Bogor.

Walaupun cita-cita Buya Yahya satu persatu mulai Allah wujudkan, namun ternyata itu tidak membuat Beliau merasa puas untuk membuat program dakwah yang semakin besar. Beliau pun mengarahkan para pengurus Yayasan agar di wilayah Bogor diadakan program pendidikan lainnya, dan akhirnya diputuskan agar segera dihadirkan program pendidikan formal berbasis pesantren.
Bermodal restu dan doa dari Buya Yahya, ikhtiar pun mulai dilakukan dengan cara mengajak saudara, sahabat, rekan bisnis bahkan masyarakat umum agar bisa berjuang bersama demi mewujudkan program ini. Alhamdulillah Allah kirimkan orang-orang yang mau berjuang bersama, dari mereka ada yang ikut mewakafkan hartanya mulai dari ribuan, ratusan ribu, jutaan bahkan puluhan juta. Hingga akhirnya kurang dari 2 tahun terkumpulah dana yang cukup untuk dibelikan lahan dan untuk memulai proses pembangunan. Sekitar tahun 2020 dimulailah proses pembangunan tersebut, adapun lokasi dari tanah tersebut yaitu berada di jalan KH. Abdul Hamid, Desa Sukamaju, Kecamatan Cibungbulang, Kabupaten Bogor. Proses pembangunan dan persiapan dilakukan kurang lebih selama 2 tahun dan dalam perjalanan tersebut pun alhamdulillah Allah kirimkan lagi pejuangnya untuk bisa menyempurnakan program ini, Beliau berwakaf membangunkan Masjid sebagai fasilitas pendukung pesantren yang kini dinamakan Masjid Al-Husna 3. Tahun 2022 dengan fasilitas yang masih terbatas namun cukup untuk mengawali program pendidikan sekolah formal, akhirnya diresmikanlah SMPIQu Al-Bahjah Bogor oleh Buya Yahya, sekaligus ditahun ini menjadi angkatan pertama dari santri SMPIQu Al-Bahjah Bogor.